Berdasarkan Peraturan Bupati Bolaang Mongondow Timur Nomor 08 Tahun 2023 tantang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Daerah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur, Dinas Pertanian mempunyai tugas pokok membantu Bupati dalam menyelenggarakan sebagian urusan Pemerintah Daerah di Bidang Pertanian. Dinas Pertanian dalam melaksanakan tugasnya, mempunyai fungsi:

1. Perumusan dan penyusunan rencana program dan kegiatan dalam rangka penetapan kebijakan teknis di bidang pertanian.
2. Pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pertanian
3. Pelaksanaan usaha pencegahan dan pengendalian Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT) tanaman pangan dan holtikultura.
4. Penyusunan dan pelaksanaan pengembangan, konservasi, rehabilitasi dan pemanfaatan lahan.
5. Pelaksanaan pemetaan, pengelolaan, pengaturan, pengawasan, penerapan tataguna lahan pertanian dan kawasan pertanian terpadu.
6. Penetapan sentra komoditas pertanian, sasaran areal tanam dan luas baku lahan pertanian sesuai kemampuan sumberdaya lahan,
7. Peningkatan pengelolaan air irigasi dan konservasi sumber sumber air.
8. Pelaksanaan bimbingan pengembangan dan pemberdayaan Perkumpulan Petani Pemakai Air (P3A) dan Perkumpulan Petani Pemakai Air Tanah (P3AT).
9. Pengawasan peredaran, pengadaan, penggunaan, pengamanan, penyaluran sarana dan prasarana produksi pertanian.
10. Pelaksanaan pembinaan dan bimbingan usaha disektor pertanian.
11. Pelaksanaan bimbingan, pengembangan, pemberdayaan, pengendalian dan pemanfaatan sumber-sumber pembiayaan/kredit agribisnis.
12. Pelaksanaan bimbingan penerapan pedoman/kerjasama kemitraan usaha hasil tanaman pangan dan holtikultura. 
13. Pelaksanaan pengawasan dan pengendalian teknis peningkatan produksi usaha tani dan perlindungan tanaman.
14. Pelaksanaan penerapan teknologi panen, pasca panen dan pengelolaan hasil pertanian.
15. Pelaksanaan bimbingan pemasaran, promosi dan penyebaran informasi pasar hasil tanaman pangan dan holtikultura.
16. Pelaksanaan penyusunan statistik dan penerapan sistem informasi tanaman pangan dan holtikultura.
17. Pelaksanaan dan pengembangan laboratorium penguji sektor pertanian.
18. Pelaksanaan perencanaan, penerapan, kebijakan, pedoman kelembagaan dan pengembangan penyuluhan, serta persyaratan sertifikasi/akreditasi dan mutasi pejabat penyuluh pertanian.
19. Pelaksanaan penyebaran dokumentasi dan informasi standarisasi sektor pertanian.
20. Pelaksanaan bimbingan dan penyuluhan dibidang pertanian.
21. Pengelolaan tugas kesekretariatan.
22. Pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Bupati melalui Sekretaris Daerah.