Dalam melaksanakan peran strategisnya, tugas pokok dan fungsi Sekretariat Dinas Pertanian Kabupaten Bolaang Mongondow Timur sebagai berikut:

Tugas:

Membantu kepala dinas dalam mengkoordinasikan pelaksanaan tugas serta membina dan memberikan pelayanan administratif kepada semua unsur di lingkungan Dinas Pertanian dan Penyuluhan.

Fungsi:

1. Pembinaan serta pelaksanaan tugas dan administrasi dinas yang meliputi perencanaan, pengorganisasian dan ketatalaksanaan program. Keuangan, pelaporan, kepegawaian, umum, Perlengkapan, dokumentasi, hukum, data dan informasi serta hubungan antar lembaga masyarakat;
2. Pengkoordinasian dan pengaturan tugas unit organisasi di lingkungan Dinas Pertanian Perkebunan dan Penyuluhan;
3. Pengkoordinasian dan pengaturan kerjasama;
4. Pengkoordinasian perumusan kebijakan strategis di lingkungan Dinas Pertanian;
5. Pelaksanaan urusan tata usaha dinas;
6. Pelaksanaan tugas dan fungsi lain yang diberikan oleh atasan.